「仮面ライダー」シリーズの原点となった初期エピソードを、石ノ森章太郎の原作コミックをベースに新たに映画化した「仮面ライダー THE FIRST」の続編。仮面ライダー1号こと本郷猛が秘密結社ショッカーの陰謀を阻止するため立ち上がってから2年。謎の惨殺死体が連続して発見され世間を騒がせていた。そんな中、高校教師として暮らしている本郷の前に、高い能力を持つショッカーの改造人間・仮面ライダーV3が現われ……。